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Nato a Chicago, è stato attore in società per azioni itineranti prima di fare il suo debutto sullo schermo nel 1912. Unendosi a D.W. Griffith's Fine Arts Studio nel 1914, fu scelto come ufficiale dell'Unione Phil Stoneman in "The Birth of a Nation" (1915) e come The Rhapsodie nella storia babilonese di "Intolerance" (1916). È stato anche regista di seconda unità per quei film. Promosso regista nel 1917, Clifton ha supervisionato diverse commedie di successo delle Belle Arti con Dorothy Gish, pur continuando a servire come assistente di Griffith. La loro associazione culminò con il blockbuster "Way Down East" (1920). Clifton ha girato gran parte della famosa sequenza "Salvataggio dal ghiaccio" e ha doppiato il protagonista Richard Barthelmess nelle scene più rischiose. Lasciò quindi Griffith per fondare la sua società di produzione e ottenne un grande successo con "Down to the Sea in Ships" (1922), una colorata saga di caccia alle balene realizzata sul posto nel New England. Ha reso la futura "It Girl" Clara Bow una star, che è apparsa come una clandestina travestita. Nel 1923 Clifton firmò un lucroso contratto di sette anni con la Fox ed era pronto a diventare uno dei maggiori registi di Hollywood. Poi è avvenuta la tragedia. Stava girando "The Warrens of Virginia" in Texas quando la sua attrice protagonista morì per ustioni in un incidente sul set. Sebbene Clifton fosse innocente nell'incidente, fu licenziato dalla Fox e la sua carriera non riprese mai il suo slancio.
